В монастыре – храмы:
1. Спасо-Преображенский собор (в подклете – церковь Романа Сладкопевца)
2. церковь иконы Божией Матери "Знамение"
3. церковь Покрова Пресвятой Богородицы
4. церковь Николая Чудотворца
5. церковь Сергия Радонежского (в надвратной колокольне).
Основание монастыря приписывается великому князю Юрию Долгорукому. Первоначально монастырь находился на месте современного Данилова монастыря. Около 1300 г. при великом князе Иване Калите монастырь был перенесен на Боровицкий холм в Кремле. В 1490 г. великий князь Иван III перенес монастырь на Крутицкий холм, где он и находится поныне.
В 1591 г. монастырь участвовал в отражении набегов крымского хана Казы-Гирея. В Смутное время монастырь был опустошен, но при первом царе Михаиле восстановлен и укреплен, наделен вотчинами и землями. Деревянную крепостную стену заменили на каменную. Крепостная стена представляет собой неправильный пятиугольник с пятью башнями по углам плюс еще две в стенах между башнями.
Петр I в 1717 г., в знак особого внимания к монастырю и усыпальнице своих родичей, приказал отлить колокол весом в 1100 пудов. Он был разбит во время разграбления монастыря в 1812 г. французами. Весь монастырь тоже сильно разграблен и опустошен пожаром. К 1820 г. все здания монастыря были отремонтированы, из осколков колокола Петра был отлит новый, вдоль западной части крепостной стены поднялся новый двухэтажный корпус, где разместились келии, кухня и прочие хозпостройки. В 30-40-х гг. 19 века обновили и храмы монастыря.
В 17 веке монастырь был царским богомольем, в том же веке он использовался и для заточения: сюдя отсылались в 1690 г. престарелые преступники и мятежные стрельцы после бунта; за еретичество здесь содержался настоятель Троице-Сергиевой Лавры архимандрит Дионисий. Монастырь закрыт в 1918 г. Позднее здесь разместилась особая тюрьма, филиал Таганской. В одной из церквей расстреливали, трупы хоронили у стен на насыпи со стороны Москвы-реки. Здесь была заточена в 1920 г. дочь Л.Н.Толстого – Александра.
До 1968 г. в монастыре находился женский вытрезвитель. В сентябре 1990 г. монастырь передан верующим.
С марта 1991 г. возобновлены богослужения. К 1917 г. в монастыре было 5 храмов с 13 престолами.
В северо-восточном углу монастыря при братских келиях и больнице расположена церковь Николая Чудотворца. Построена в 1652 г. князем Я.К.Черкасским, дальним родственником Романовых.
У юго-западного угла собора находится церковь Покрова Пресвятой Богородицы. Построена в 1673 – 1675 гг. Вверху, кроме главного престола, находятся приделы: Дмитрия Ростовского, мученицы Варвары. Внизу главная церковь Екатерины мученицы с пределами Печерской иконы Божьей матери и Саввы освященного.
Во втором ярусе колокольни, построенной по проекту И.Жеребцова с 1759 г. по 1785 г.,над восточными воротами монастыря освящена церковь Преподобного Сергия. Высота колокольни около 72 метров.
С 1791 г. по 1795 г. к собору была пристроена церковь Знамения пресвятой Богородицы. Храм двухэтажный. На верхнем этаже – собственно храм, а внизу усыпальница графов Шерметьевых и князей Черкасских. Церковь имеет округлую форму с одним куполом в центре, с трех сторон расположены входные двери. Иконостас с иконами был в итальянском стиле. Распятие работы Калаудо. Здание внешне отремонтировано, но внутрь входа посетителям нет.
На территории монастыря было монастырское кладбище. Сейчас почти ничего не осталось. Привлекает внимание захоронение монахини Досифеи (Августа Тараканова, внебрачная дочь Елизаветы Петровны), которая была похоронена в Новоспасском монастыре 4-го фераля 1810 г. с особыми почестями. До этого 25 лет она провела в Ивановском монастыре. http://sobory.ru/article/index.html?object=02851